一是经费投入不到位。2009年国家实施基本公共卫生服务项目后，中央财政预防接种补助经费就不再单列拨付，而是以基本公共卫生服务项目资金的形式打包下拨，预防接种单位及工作人员无法按照免疫规划工作量领到足额的工作经费和疫苗接种补助经费。
二是基层医疗卫生机构服务能力不足。国家实施基本公共卫生服务项目强化了基层医疗卫生机构服务新的工作内容，但是部分机构因为公共卫生服务人员数量少、能力水平较低，个别还承担有经济创收任务，导致所能提供的服务能力滞后，不能满足工作任务要求。
三是疫苗生产供应不及时。目前，共有10种疫苗纳入国家免疫规划，对适龄儿童免费接种。但由于疫苗生产能力不足、疫苗招标采购周期过长，时常出现免疫规划疫苗供应不及时，疫苗合格接种率偏低，受种对象及家长意见反映较多的现象。
四是部门间协作力度不够。按照《疫苗流通和预防接种管理条例》第二十七条规定，入学、入托儿童预防接种证查验工作应当由所在学校和托儿所承担实施，补证和补种疫苗工作由所在地预防接种机构承担实施，但很多基层学校和托幼机构并未切实履行工作职责，工作流于形式，漏种儿童及时补种疫苗少，学校和社区还存在个别疾病（麻疹）疫情暴发和流行的潜在风险。
五是个别重点疾病（麻疹）消除任务工作形势不容乐观。2012年我市麻疹病例发病率必须控制在1/100万以下，也就是发病数必须控制在4例以内，但今年1-7月已发病8例。当前，随着免疫规划工作的开展，目前市内8月龄-14岁儿童麻疹病例明显逐年减少，低龄儿童（8月龄内）和大龄人群（14岁以上）病例所占比例逐年凸显，今年1-7月监测数据显示，低龄儿童和大龄人群麻疹病例所占比例（5例）已高达62.50％（5/8），而这两类人群是目前免疫规划工作的覆盖盲区。由于我市地处川陕甘三省结合部的独特地理位置，在我市报告发病的外籍麻疹病例逐年提高，今年1-7月报告外籍麻疹病例（3例）达37.50％，也抬升了全市麻疹总发病率。
工作建议：
一是采取有力措施，继续保持高水平免疫规划疫苗常规免疫接种率，努力提高扩大免疫规划疫苗接种率。
二是加强基层医疗卫生机构服务能力建设。主动适应国家基本公共卫生服务项目的增加，提升基层医疗卫生机构公共卫生服务人员的服务技能，解决基层机构公卫人员没有能力、没有精力的问题。
三是继续推进全市儿童预防接种信息化建设。
四是加强对重点疾病的免疫。切实加强对麻疹、AFP等重点疾病监测，继续巩固无脊灰成果监测和进一步推进消除麻疹各项基础工作，力争实现2012年消除麻疹目标。
五是协调有关部门加强预防接种证查验和疫苗补种工作，提高在校、在托儿童免疫规划疫苗尤其是麻疹疫苗接种率。